故事描述芝加哥大学的一群科学家研究出可以用水来取代石油作为能源的新方法，领导此研究的博士决定将此重大发现公诸於世，但他却突然被杀，他的两名男女助手被诬陷为杀人凶手而展开逃亡，在躲避联邦调查局追捕的同时，他们找到亦师亦友的摩根．弗里曼求助，摩根则要他们交出研究的最后阶段资料，不料两人落入了另一个陷阱，几乎为虎作伥。
与此同时，调查局的特工跟踪香农来到了一个秘密研究基地。香农在与助手的争执中透露了为了保守新能源的秘密，在经济利益的诱惑下，香农主谋杀害了巴克利博士的内幕。被派去逮捕埃迪和莉莉的警察无端地被人开枪击毙。当慌乱中的埃迪俩来到一座无人居住的房子里时，两个职业杀手又扑将而来，他俩只得继续奔逃。出于无奈，埃迪向香农发出信号，约定在一个博物馆会面。一番搏斗后，莉莉被人绑架走了。埃迪跟踪他们来到秘密研究基地，发现莉莉和失踪的博士助手正在被迫重复他们做过的试验......埃迪偷偷稳定了氢气发生器，并将整个系统的主体结构存入联邦调查局的电脑中。第二天，埃迪在要求遭到拒绝后关闭了整个试验系统。一场巨大的爆炸不可避免地发生了。埃迪带着莉莉借机离开了现场，香农也逃之夭夭......
